Helsingin yliopistolla on ollut luonnontieteellisiä kokoelmia perustamisestaan lähtien. Jo Turun akatemian aikaan kerättiin eläin- ja kasvitieteellisiä kokoelmia. Vuonna 1678 professori Elias Tillandz sai luvan aidata opetukseen käytetyn ryytimaan, ja näin oli perustettu myös yliopiston kasvitieteellinen puutarha.

Turun palo teki pahaa jälkeä luonnontieteellisille kokoelmille. Uusien kokoelmien kerääminen saatiin kuitenkin nopeasti vauhtiin sen jälkeen, kun yliopisto siirrettiin Helsinkiin. Vuosien varrella kokoelmien sijoitus vaihteli yliopiston tiedekuntien alaisuudessa kunnes vuonna 1988 ne yhdistettiin Luonnontieteelliseksi keskusmuseoksi.

Keskusmuseo muodostettiin kahdessa vaiheessa: vuonna 1988 yhdistettiin Helsingin yliopiston eläin-, kasvi-, geologian ja paleontologian museot sekä ajoituslaboratorio. Kasvitieteellinen puutarha liitettiin mukaan vuonna 2004.

Uuteen keskusmuseoon perustettiin myös yleinen osasto palvelemaan muita osastoja. Luonnontieteellisen keskusmuseon ensimmäisiin yleisönäyttelyihin kuitenkin muun muassa lainattiin tiedottajaa yliopistolta.

Muutamia historiallisia faktoja:

• Luonnontieteellinen keskusmuseo (LTKM) perustetaan vuonna 1988, samalla perustetaan yleinen osasto vastaamaan mm. yleisönäyttelyistä, viestinnästä ja hallinnosta
• Luonnontieteellisen museon ensimmäinen suuri erikoisnäyttely on dinosaurusnäyttely vuonna 1994.
• Kasvitieteellisen puutarhan kasvihuoneet peruskorjataan 1996–1998.
• Puutarha liitetään osaksi keskusmuseota vuonna 2004.
• Luonnontieteellinen museo on remontin vuoksi suljettuna 2005–2008. Remontin jälkeen museon vuosittainen kävijämäärä kaksinkertaistuu n. 150 000 vieraaseen.
• Vuonna 2009 avataan uusi yleisökohde Kumpulan kasvitieteellinen puutarha.
• Vuonna 2010 avataan Luonnontieteellisen museon peruskorjauksen jäljiltä neljäs pysyvä näyttely, joka kertoo maailman luonnon monimuotoisuudesta.
• Vuonna 2010 aloitetaan identiteettiprosessi, jonka myötä seuraavana vuonna otetaan käyttöön Luonnontieteellisen keskusmuseon uusi lyhytnimi ”LUOMUS”.